Guide RNA/mRNA alignment for T. brucei CR4 (G4)


       1  UAAUUUAUUG UUAUCUUUGU GUAUUUAUUA uuAuuuuAuu uuAAuuuuGG
                                                           ||X::
                                                           AAUUU

      51  uuGuGCAuuu uuuuuuuuuu uAuuuGGuGU GuuuGuGuuu uAUGuACAGu
          |::|:|||:| :|:|||||:| ||:||:||:| ||:||:|||| |||:|||||
          AGUAUGUAGA GAGAAAAAGA AUGAAUCAUA CAGACACAAA AUACAUAUA
                                                              gCR4[148]

     101  uuAuGGuAuA uuuuAuuGuu GuuuuGuuuu uuGuuuuuGu uGUUUGuuUG

     151  uGuGGGuAuG uuuuAuuuGu uuuGuuAuAG uuGuuuGuuu uuuuuuGuuG

     201  uUUUGGGuuG uGAuuuuuuA uuGGuGuuuu GAuuGuAuAG uuuAuuuuuu

     251  uuGuGACGuu AuAAuuUUGu uuAuuuuuuu uuuuuAuuuu GuuuuGuGuu

     301  uuuuGuAuuG UUGuuuuuAu UUGGuuuGuu uGGuuuuuuu uuGUAuuuuu

     351  uGUUGuGuuu uGuGuuAuuu uuuGAuuuAu uuuuuAuGuU GuuuuuUGuu

     401  uuGGGUGGuu uuuuuGuuuu uGuuuuuuuu uuuuGuuuAu GuuuGuuuuu
                                        || :|:|:|:||: :||:::|:||
                                        AA GAGAUAGAUG UAAGUGAGAA

     451  AuuuGuGGuu GuuGuuAuuu uGuuAGuuuG GuuGuuGUUG uuAuuUGuGu
          |||||||:|: :||||||||| |||XX
          UAAACACUAG UAACAAUAAA ACAUA gCR4[39]

     501  AuAGGUUUAu uUAuAUGCGu uuuuuAuuuu AGAuAAuUAu GGUAUUGGUU

     551  UUAUAAAAUG UUUUUUCU